Estonya eğitim sisteminde üç kademeden oluşan ilköğretim eğitimini almak zorunludur. 5’lik not sistemi kullanılır.
5 çok iyi, 4 iyi, 3 geçer, 2 zayıf, 1 çok zayıf demektir.
Eğitime başlama yaşı 7’dir ve 16 yaşına kadar ilköğretim 9 yıl sürer. Öğrencilerin 3 bitirme sınavını geçmeleri gerekmektedir. Bitirme sınavlarını başarıyla geçen öğrencilere ilköğretim diploması verilir. Öğrenciler bu diploma ile lise veya kolejlerde eğitimlerine devam edebilirler.
1-3. sınıflar (1. Kademe)
4-6. sınıflar (2. Kademe)
7-9. sınıflar (3. Kademe)
3 ve 6. sınıfların sonunda standart testler uygulanabilir, öğrenciler Estonca veya Rusça, matematik ve diğer bir dersten sınavlara girerler.
9. sınıfta ise 3 dersten (Eston dili ve edebiyatı, matematik ve ayrıca Rus dili ve edebiyatı, İngilizce, Almanca, Fransızca, Rusça, biyoloji, kimya, fizik, coğrafya, tarih derslerinin birinden) bitirme sınavlarına girerler.
Zayıf notu olmayan öğrenciler doğrudan bir üst sınıfa geçerken bir veya iki dersten zayıf not alan öğrenci öğretmenin onayıyla bir üst sınıfa geçirilebilir.
Ortaöğretim 16-19 yaşları arasında 3 yıl süre ve 10-12 arası sınıfları kapsar. Genel ve mesleki ortaöğretim olmak üzere iki türe ayrılır.
Genel liselerde 12. sınıfı bitiren öğrenciler ulusal bitirme sınavlarına girerler. Başarılı olanlara ulusal sınav başarı sertifikası ile birlikte lise diploması da verilir. Öğrenci mezuniyet sınavını geçemezse sadece toplam 12 yıllık eğitimi tamamladığını gösteren bir sertifika alır.
Meslek liselerinde yıl boyunca üç veya daha fazla dersten girilen sınavların yarısından zayıf alan bir öğrencinin okulla ilişiği kesilir (son sınıf hariç).
Öğrenciler 12. sınıftan sonra bitirme sınavına girerler ve başarılı olan öğrenciler diploma alarak yükseköğretime devam etme hakkı kazanır.
Estonya’da ortaöğretimden sonra meslek eğitimi veren meslek yüksekokulları da bulunmaktadır. Öğrenciler meslek lisesinden sonra bu tür mesleki okullara geçebilirler. 2 yıllık Lise üstü eğitim diploması alabilirler.